自2004年起,學院成為國內首批開展會計碩士專業學位教育工作的單位。2011年3月,國務院學位委員會授予上海國家會計學院專業碩士學位授予權(單位代碼80402),自此,學院開始立開展會計碩士專業學位mpacc(代碼為125300)、審計碩士專業學位maud(代碼為025700)人才培養工作。2014年5月,學院獲批為稅務碩士專業學位授權點,開始開展稅務碩士專業學位mt(代碼為025300)人才培養工作。2015年,經國會計專業學位研究生教育指導委員會認證,學院成為首批獲得會計碩士專業學位教育質量認證(accreditation for accounting professional education quality,簡稱aapeq)的六家a級成員單位之一。